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Fabrizio Musacchio
Fabrizio Musacchio
@pixeltracker@sigmoid.social  ·  activity timestamp last week

Happy to announce that our #JOSS paper on #MotilA is now published 😊

MotilA is an #OpenSource #Python pipeline for quantifying microglial fine-process motility in 3D/4D in vivo multiphoton #imaging data. It is specifically designed for reproducible, batch-scale analysis.

The paper describes the methodology, implementation, and scope of the software:

📄 https://doi.org/10.21105/joss.09267
💻 https://github.com/FabrizioMusacchio/MotilA
📘 https://motila.readthedocs.io/

#Neuroscience #Microglia #OpenScience #FOSS #JOSS

GitHub

GitHub - FabrizioMusacchio/MotilA: Pipeline for analyzing microglial fine process motility from 4D/5D multi-photon imaging data

Pipeline for analyzing microglial fine process motility from 4D/5D multi-photon imaging data - FabrizioMusacchio/MotilA

MotilA – A Python pipeline for the analysis of microglial fine process motility in 3D time-lapse multiphoton microscopy data

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MotilA pipeline’s segmentation and microglial turnover rate assessment. This animation illustrates the structural changes that MotilA detects and quantifies. The left panel shows one representative Z-slice per time point after MotilA’s internal preprocessing steps. The right panel shows the corresponding ΔB classification maps, which are computed as difference images between two consecutive time points ti and ti+1.
MotilA pipeline’s segmentation and microglial turnover rate assessment. This animation illustrates the structural changes that MotilA detects and quantifies. The left panel shows one representative Z-slice per time point after MotilA’s internal preprocessing steps. The right panel shows the corresponding ΔB classification maps, which are computed as difference images between two consecutive time points ti and ti+1.
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Fabrizio Musacchio
Fabrizio Musacchio
@pixeltracker@sigmoid.social  ·  activity timestamp 2 months ago

Just came across #FPbase, a community-driven database for #fluorescent #proteins and #spectral properties 🌈. Very useful for selecting reporters, comparing #excitation/ #emission #spectra, planning multi-color #imaging 🔬, and avoiding spectral overlap.

🌍 https://www.fpbase.org/about/

#Microscopy #Fluorescence #Neuroscience #OpenScience

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Fabrizio Musacchio
Fabrizio Musacchio
@pixeltracker@sigmoid.social  ·  activity timestamp 2 months ago

🧠 New preprint by Kim et al. (2025) from David Anderson’s lab: A line #attractor maintains aggressiveness during feeding in “hangry” mice 🍔🐁. Using in vivo #CalciumImaging and #rSLDS modeling, they show how moderate fasting stabilizes an aggression-related attractor in #VMHvl, while prolonged fasting collapses it, linking hunger, motivation, and aggression through #PopulationDynamics:

🌍 https://doi.org/10.1101/2025.10.16.682711

#Neuroscience #CompNeuro #Behavior #AttractorDynamics #Hypothalamus #2p #imaging

A line attractor maintains aggressiveness during feeding in “hangry” mice

Fig. 3 | Prolonged fasting duration reveals biphasic effects on aggression and stability of VMHvlEsr1 attractor dynamics.
Fig. 3 | Prolonged fasting duration reveals biphasic effects on aggression and stability of VMHvlEsr1 attractor dynamics.
Fig. 3 | Prolonged fasting duration reveals biphasic effects on aggression and stability of VMHvlEsr1 attractor dynamics.
Fig. 2 | Moderate fasting enhances ramping and persistence in a VMHvlEsr1 latent slow mode.
Fig. 2 | Moderate fasting enhances ramping and persistence in a VMHvlEsr1 latent slow mode.
Fig. 2 | Moderate fasting enhances ramping and persistence in a VMHvlEsr1 latent slow mode.
Fig. 1 | Moderate food deprivation enhances aggression in male mice.
Fig. 1 | Moderate food deprivation enhances aggression in male mice.
Fig. 1 | Moderate food deprivation enhances aggression in male mice.
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Björn Brembs boosted
Laborjournal
Laborjournal
@laborjournal@mstdn.science  ·  activity timestamp 3 months ago

Unser Heft 10/2025 ist raus!

Titelthema: Letzte Folge des Wissenschaftsnarren

Außerdem:
- Großes Special #Hirnforschung
- #Homöpathie;
- Pflanzenabwehr;
- #Pille für den Mann;
- #RNA-Welt;
- Live-Cell- #Imaging;
- #Phagen-Therapie;
- …

Das ganze Heft online: https://www.laborjournal.de/rubric/aktuell/index.php

Titelblatt der neuen Laborjournal-Ausgabe 10/2025: Ein Narr sitzt auf einem Bahnsteig auf seinem Koffer und blättert mit traurigem gesichtsausdruck in einem Laborjournal-Heft. Im Bild Dachzeile und Überschrift "Der Wissenschaftsnarr geht – Ein Abschiedsgruß". Ganz unten in drei grünen Kästen nebeneinander Ankündigungen von drei weiteren Artikelthemen des abgebildeten Hefts.
Titelblatt der neuen Laborjournal-Ausgabe 10/2025: Ein Narr sitzt auf einem Bahnsteig auf seinem Koffer und blättert mit traurigem gesichtsausdruck in einem Laborjournal-Heft. Im Bild Dachzeile und Überschrift "Der Wissenschaftsnarr geht – Ein Abschiedsgruß". Ganz unten in drei grünen Kästen nebeneinander Ankündigungen von drei weiteren Artikelthemen des abgebildeten Hefts.
Titelblatt der neuen Laborjournal-Ausgabe 10/2025: Ein Narr sitzt auf einem Bahnsteig auf seinem Koffer und blättert mit traurigem gesichtsausdruck in einem Laborjournal-Heft. Im Bild Dachzeile und Überschrift "Der Wissenschaftsnarr geht – Ein Abschiedsgruß". Ganz unten in drei grünen Kästen nebeneinander Ankündigungen von drei weiteren Artikelthemen des abgebildeten Hefts.
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Laborjournal
Laborjournal
@laborjournal@mstdn.science  ·  activity timestamp 3 months ago

Unser Heft 10/2025 ist raus!

Titelthema: Letzte Folge des Wissenschaftsnarren

Außerdem:
- Großes Special #Hirnforschung
- #Homöpathie;
- Pflanzenabwehr;
- #Pille für den Mann;
- #RNA-Welt;
- Live-Cell- #Imaging;
- #Phagen-Therapie;
- …

Das ganze Heft online: https://www.laborjournal.de/rubric/aktuell/index.php

Titelblatt der neuen Laborjournal-Ausgabe 10/2025: Ein Narr sitzt auf einem Bahnsteig auf seinem Koffer und blättert mit traurigem gesichtsausdruck in einem Laborjournal-Heft. Im Bild Dachzeile und Überschrift "Der Wissenschaftsnarr geht – Ein Abschiedsgruß". Ganz unten in drei grünen Kästen nebeneinander Ankündigungen von drei weiteren Artikelthemen des abgebildeten Hefts.
Titelblatt der neuen Laborjournal-Ausgabe 10/2025: Ein Narr sitzt auf einem Bahnsteig auf seinem Koffer und blättert mit traurigem gesichtsausdruck in einem Laborjournal-Heft. Im Bild Dachzeile und Überschrift "Der Wissenschaftsnarr geht – Ein Abschiedsgruß". Ganz unten in drei grünen Kästen nebeneinander Ankündigungen von drei weiteren Artikelthemen des abgebildeten Hefts.
Titelblatt der neuen Laborjournal-Ausgabe 10/2025: Ein Narr sitzt auf einem Bahnsteig auf seinem Koffer und blättert mit traurigem gesichtsausdruck in einem Laborjournal-Heft. Im Bild Dachzeile und Überschrift "Der Wissenschaftsnarr geht – Ein Abschiedsgruß". Ganz unten in drei grünen Kästen nebeneinander Ankündigungen von drei weiteren Artikelthemen des abgebildeten Hefts.
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alcinnz boosted
Paul Houle
Paul Houle
@UP8@mastodon.social  ·  activity timestamp 3 months ago

🫓 Ultra-flat optic pushes beyond what was previously thought possible

https://phys.org/news/2025-09-ultra-flat-optic-previously-thought.html

#optics #imaging #technology #engineering #research #physics

Ultra-flat optic pushes beyond what was previously thought possible

Cameras are everywhere. For over two centuries, these devices have grown increasingly popular and proven to be so useful, they have become an indispensable part of modern life.
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Paul Houle
Paul Houle
@UP8@mastodon.social  ·  activity timestamp 3 months ago

🫓 Ultra-flat optic pushes beyond what was previously thought possible

https://phys.org/news/2025-09-ultra-flat-optic-previously-thought.html

#optics #imaging #technology #engineering #research #physics

Ultra-flat optic pushes beyond what was previously thought possible

Cameras are everywhere. For over two centuries, these devices have grown increasingly popular and proven to be so useful, they have become an indispensable part of modern life.
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STOP OCCUPATION 🍉 S. Costa boosted
Bose-Einstein-Kondensat
Bose-Einstein-Kondensat
@MWNautilus@mstdn.social  ·  activity timestamp 6 months ago

A cost-effective, modular, #research- grade #OpenSource #optical #microscope based on the #openFrame #microscopy stand:
https://doi.org/10.18520/cs%2Fv126%2Fi2%2F244-254
#DIYbio #lab#science #instruments #fluorescence #laser#LED #fiber #optics #imaging#µManager

Sorry, no caption provided by author
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Bose-Einstein-Kondensat
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@MWNautilus@mstdn.social  ·  activity timestamp 6 months ago

A cost-effective, modular, #research- grade #OpenSource #optical #microscope based on the #openFrame #microscopy stand:
https://doi.org/10.18520/cs%2Fv126%2Fi2%2F244-254
#DIYbio #lab#science #instruments #fluorescence #laser#LED #fiber #optics #imaging#µManager

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